Di solito prima di scrivere sui file, cerco di sviluppare il programma in modo che possa essere abbastanza sicuro di quello che vi verrà scritto: è chiaro ce avrò problemi di come vengono scritti i dati, sarà l'ultima cosa di cui mi accorgerò.
Salvando dei file nel formato dei classici ini windowsiani, ho deciso di usare il pytoniano configparser. Non vi dico le madonne quando mi sono accorto che scriveva le chiavi in lowercase. In un pezzo del file, ho associato queste chiavi a dei nomi di file, dei quali appunto rinominavo l'estensione in minuscolo, e sono stato un'ora a cercare di capire cosa sbagliavo: la situazione era aggravata dal fatto che puntavo su di una rinominazione di un pezzo di "chiave" (ma chiamiamola option) visto che i nomi comprendevano infinite variazioni dei separatori. Alla fine, ho deciso di sostituire in ogni file, se presente, la combinazione contenente il "=" con il segno dell'infinito "∞", dato che solo dei bischeri possono usarli nei nomi delle canzoni, e comunque è troppo abusato nei tatuaggi.
In ogni caso, se presente, la sostituzione è solo nella chiave, non nel nome del file. A questo punto, che fare: dopo le prime tre ricerche finalmente trovo la soluzione, ancora su Stackoverflow, e a futura memoria vi rendo partecipi. Si tratta di subclassare la classe configparser e modificare il ritorno della funzione che rende la chiave. Ecco un esempio ridotto ai minimi termini, tratto dalle mie prove:

from configparser import ConfigParser

class CaseConfigParser(ConfigParser):
    """subclassing necessary due configparser lower the
    case of the keys"""
    def optionxform(self, optionstr): 
        return optionstr

a questo punto, è semplice:

parser = CaseConfigParser(allow_no_value=True)
with open(conffile, 'r', encoding='utf-8') as f:
    try:
        parser.read_file(f)
    except:
        f.close()
        return
    f.close()